Ban đầu, 7,531 ứng cử viên được đề cử vào 1,500 ghế.

Cuộc bầu cử tổ chức từ 7 giờ đến 20 giờ (giờ địa phương) ngày 26/3/1989, và cuộc bỏ phiếu lần thứ hai diễn ra ngày 9/4 cùng năm. Cuộc bầu cử tái diễn ngày 14/5 và tiếp tục tái diễn trong ngày 18-21/5. Với cuộc bỏ phiếu các tổ chức công cộng diễn ra từ ngày 11-23/3 (một số tổ chức bầu cử vào tháng 4).

Các cuộc bầu cử chủ yếu diễn ra là lựa chọn (có 399 trong 1,500 khu vực không lựa chọn), cạnh tranh (các ứng cử viên có cơ hội nói chuyện với cử tri với các chương trình trên sóng truyền hình, gồm cả trực tiếp), và bỏ phiếu bí mật. Bất cứ sự làm nhục việc đề cử các ứng viên cho từng ghế đều bị nghiêm cấm. Đồng thời Đảng Cộng sản Liên Xô vẫn duy trì quyền lực theo số lượng phân bổ từ các tổ chức công cộng.

Ở giai đoạn thiết lập khu vực bầu cử, đã xảy ra sự vi phạm điều 17 Luật bầu cử Đại biểu Nhân dân, theo đó phải thiết lập các khu vực bầu cử với số lượng cử tri ngang nhau. Điều này không thực tế vì một số khu vực có tỉ lệ cử tri cao hơn các khu vực khác. Việc này đã không được Ủy ban ủy quyền phản hồi. Số lượng đại biểu cũng không theo tỉ lệ như trường hợp dân số quốc gia Baltic trong Liên Xô chỉ chiếm 2.1% nhưng số lượng đại biểu trong Quốc hội lại chiếm 7%.